Ci sono molte ipotesi sull'origine dell'uva Pinot. Una discendenza dall'antico vitigno Allobrogica menzionato da Columella (prima metà del I secolo) e Plinio il Vecchio (23-79) non può essere verificata. Non ci sono prove genetiche o botaniche a sostegno dell'ipotesi che sia arrivato in Francia dall'Egitto attraverso la Grecia. Non si può provare (ma non è impossibile) che l'imperatore Carlo Magno (742-814) la portò sul Reno e la fece piantare nel suo palazzo di Ingelheim (Rheinhessen). Che il suo pronipote Carlo III, detto il Grasso (839-888), abbia fatto piantare la varietà nell'884 vicino al lago di Costanza nella sua "vigna reale" non è provato, poiché nessun nome di varietà è menzionato nel documento in questione. E, ultimo ma non meno importante, l'origine Italia, assunta sulla base del sinonimo Clevner, è anche improbabile.
Si pensa che la patria originale dell'uva Pinot sia la zona tra il lago di Ginevra (Svizzera) e la valle del Rodano (Francia). L'ordine cistercense lo portò nel Rheingau nel Medioevo, e da qui si diffuse in tutta Europa. Secondo la variante più probabile, il termine francese "Pinot" deriva dalla forma allungata dell'uva Pinot, che è molto simile alla pigna di un pino (francese "pin"). Tuttavia, le varietà di Pinot non sono affatto una sola famiglia, poiché questo assocerebbe erroneamente diverse relazioni. Piuttosto, sono il risultato di mutazioni di una varietà di Pinot. Si contano anche i mutanti clonali, cioè i discendenti che sono solo "leggermente" modificati rispetto ai mutanti. In ogni caso, erano tra le varietà"più nobili" della Franconia nel Medioevo:
